O Arquipélago dos Alcatrazes aparece em relatos históricos desde a colonização do Brasil como ponto de referência e apoio às navegações, e a partir de 1915 passou a ser estudado por cientistas. O arquipélago abriga o maior ninhal de fragatas do Atlântico Sul e é área de alimentação, reprodução e descanso para mais de 10 mil aves marinhas.
No Refúgio estão protegidas 259 espécies de peixes, entre elas o tubarão-martelo e o cação-anjo. Peixes recifais rodeiam os mergulhadores durante as visitas ao Refúgio, e tartarugas e invertebrados marinhos também estão entre os atrativos. Na região podem ser observadas a tartaruga-verde (Chelonia mydas) e a tartaruga-de-pente (Eretmochelys imbricata), além de peixes que nadam na superfície, como o peixe-lua (Mola mola) e o tubarão-martelo (Sphyrna lewini). Em março de 2024, mergulhadores avistaram em Alcatrazes um cardume com mais de 40 tubarões-martelo.
Na região, as melhores condições de clima e mar para navegação e mergulho autônomo costumam ocorrer de novembro a maio. Golfinhos costumam acompanhar os barcos até o arquipélago, e as baleias são vistas com mais frequência de junho a setembro. Diversas espécies de golfinhos podem ser vistas ao longo do ano todo, enquanto aves marinhas pelágicas, como albatrozes e petréis, costumam ser mais comuns no outono e no inverno.
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